工厂做三年以上辞工，可能存在以下特殊情况或例外情形。
1. 工厂因经营困难暂时无法支付工资：若工厂因疫情等原因经营困难，与劳动者协商延期支付工资，并签订书面协议，劳动者需按协议执行，不可直接申请仲裁。但若工厂未按协议支付，劳动者仍可依法维权。
2. 劳动者因工厂违法行为被迫辞工：若工厂存在拖欠工资、未缴社保、强迫劳动等违法行为，劳动者可立即解除劳动合同，无需提前通知，并可主张经济补偿。例如，工厂连续三个月拖欠工资，劳动者可书面通知工厂后立即离职，并要求支付经济补偿金。
3. 劳动合同约定特殊离职条款：若劳动合同中约定了特殊的离职程序（如需经部门领导审批、完成特定项目后离职），劳动者需按约定执行，但约定内容不得违反法律规定。例如，合同约定“离职需经总经理审批”，但审批时间不得超过三十日，否则约定无效。
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在工厂做三年以上辞工，可能面临以下法律风险点。
1. 诉讼时效风险：申请劳动仲裁的时效为知道或应当知道权利被侵害之日起1年内。例如，工厂未出具离职证明影响劳动者再就业，劳动者应在离职后1年内申请仲裁，若超过时效，仲裁机构可能不予受理。
2. 经济损失风险：工厂未出具离职证明可能影响劳动者的再就业（如新单位要求提供离职证明）和社会保险待遇（如社保转移受阻）。例如，某劳动者离职后因工厂未出具证明，新单位拒绝录用，导致其数月无收入，造成经济损失。
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根据劳动合同法相关规定，为辞工问题的直接回复提供法律依据。
依据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条，用人单位应当在解除或终止劳动合同时出具解除或终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。若工厂未履行该义务，劳动者可依据第八十九条，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求工厂承担相应责任。此外，若工厂拖欠工资，根据劳动合同法规定，用人单位应在解除劳动合同时一次性付清工资，劳动者可据此主张权益。综上，工厂做三年以上辞工，劳动者可依法通过投诉或仲裁维护自身权益。
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关于在工厂工作三年以上辞工的处理方式，需结合具体情况分析。
在工厂工作三年以上辞工，若符合法定条件，可依法主张相应权益或按规定流程办理。

1. 若存在用人单位未依法出具解除劳动合同证明的情况：可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位履行出具证明的义务。
2. 若存在用人单位拖欠工资的情况：可向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资。
3. 若劳动者主动辞工（非因用人单位违法行为）：需提前三十日以书面形式通知用人单位，完成工作交接后办理离职手续。

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